Computationele structurele biologie
Voorspelling en analyse van driedimensionale eiwitstructuren op basis van aminozuursequenties.
Wetenschappelijk kader
Van sequentie naar moleculaire inlichtingen
De computationeel-biologische fundamenten die de analytische mogelijkheden van BE-PROTECT aandrijven.
Analyse van intrinsiek wanordelijke eiwitten
Karakterisering van eiwitregio's zonder stabiele 3D-structuur – een cruciaal onderdeel van pathogeenbiologie.
Biologie van eiwitinteractienetwerken
Voorspelling en analyse van fysieke en functionele interacties op het pathogeen-gastheergrensvlak.
AI-gestuurde functionele annotatie
Toewijzing van biologische functies aan ongekarakteriseerde eiwitten met ML, voorbij sequentiehomologie.
AI-ondersteund eiwitontwerp
Computationeel ontwerp van eiwitdomeinen op scaffold en de-novo-mini-binders voor biosensing en therapeutische kandidaten.
AI en computationele pijplijn
Pijplijnarchitectuur in zes fasen
| Fase | Ondertitel | Output |
|---|---|---|
| 1. Genomische acquisitie | Data-ingestie en kwaliteitscontrole | Opgeschoonde proteoomsequenties |
| 2. Structuurvoorspelling | AI-gestuurde eiwitmodellering | 3D-modellen met annotaties |
| 3. Analyse van flexibele eiwitten | Wanorde en conformationele dynamiek | Flexibiliteitskaarten en wanordeannotaties |
| 4. Moleculaire inlichtingen | Interactienetwerken en dreigingsbeoordeling | Dreigings- en kwetsbaarheidsprofielen |
| 5. Ontdekking van tegenmaatregelen | Door AI ontworpen moleculaire verdediging | Gerangschikte kandidaat-tegenmaatregelen |
| 6. Operationele output | Beslissingsondersteuning en inlichtingenproducten | Inzetbare dreigingsbriefings |
Toepassingen voor biodefensie
Karakterisering van nieuwe pathogenen, beoordeling van gemodificeerde bioagentia, pandemische paraatheid, biosurveillance-inlichtingen en forensische biodefensie.
Technologieplatform
GPU/HPC-gebaseerde infrastructuur, beveiligde verwerkingsomgevingen, modulaire softwarestack en operationele uitrolpatronen.
Pilotcapaciteiten
Operationele pilotscenario's ter validatie van snelle analyse, biosensorgeneratie, biosurveillance-integratie en oefenondersteuning.
Publicaties en outputs
Onderzoeksoutputs
BE-PROTECT Publicaties
The BE-PROTECT project is currently in its early phase. Publications and scientific outputs will be listed as they become available.